Эпидемия

моделирование 

...это было в 2021г.

Преамбула

1. Уже не первый год общей, интересующей всех темой стала пандемия COVID-19 / SARS-CoV-2. Ёй посвящены новости, заседания правительств, сплетни и слухи, конспирологические теории… А уж борьба с пандемией вызывает не только обсуждения. Конфликты между “масочниками” и “анти-масочниками”, теми, кто за прививки, и кто против перерасают в демонстрации и не всегда мирные акции. Казалось бы: 21-й век, наука доказала свою состоятельность, развите медицины привело к искоренению многих страшных болезней и весьма ощутимому увеличению средней продолжительности жизни (сравните данные за 19 век, начало 20 века и современные). Однако, когда разговор заходит о пандемии и вакцинации, люди часто забывают, чему их учили в школе, ссылаются на слухи или отдельные случаи, когда надо говорить о статистике; чаще говорят “верю” / “не верю”, чем ссылаются на объективные проверенные научные данные.

2. Как-то раз на досуге возникла идея: а почему не попробовать построить модель пандемии-эпидемии? Такая модель может быть полезной, ну, или, хотя-бы, интересной. Любая модель это упрощение, точность модели – всегда предмет обсуждения. Однако, какие-то интересные закономерности, корреляции получить можно используя даже простую модель. 

И вот что получилось

Модель

“Механическая часть” модели - упрощенная модель (двумерного) броуновского движения. Внутри прямоугольника движутся без трения шарики. Взаимодействие происходтит только при столкновении шариков друг с другом и/или с границей прямоугольника. Взаимодействие описывается как упругое столкновение. Начальное положение, скорость и направление движения каждого шарика – случайные величины (с определёнными пределами).

“Механические” параметры модели:

  

Кроме этого, каждый шарик имеет своё состояние: либо “здоров”, либо “болен”, либо “переболел/выздоровел/вакцинирован”, либо “мертв”. Соответствующие параметры модели:

Изменение состояния шариков происходит случайным образом в соответствии с заданными вероятностями (метод Монте Карло).

Приведённые выше параметры были выбраны для численного представления “общепринятых” характеристик. Так количество шариков и размер облати характеризуют плотность “населения”. Вместе со скоростями шариков эта плотность характеризует количество столкновений (контактов) в единицу времени. Скорости шариков, размеры области и моделируемое время определяют также сколько раз шарик/участник (потенциально) может пересечь облась моделирования (дальность поездок или подвижность). Вероятности говорят сами за себя.

Конечно, значения параметров должны быть в разумных пределах. Иначе, ожидать разумных результатов трудно. 😉

Результаты моделирования

1. Подвижность / число контактов

Для начала посмотрим как влияет скорость шариков на результаты численных экспериментов.

В начале каждого эксперимента было 10000 "здоровых" и 1000 "больных". Общие параметры модели (вероятности, размер области, скорости) приведены на Рис.1.

Красным прямоугольником выделены параметры, изменяемые от эксперимента к эксперименту.

В четырёх (численных) экспериментах менялись только минимальная и максимальная скорости. То есть, отдельно моделировались случаи от очень высокой подвижности (путь, пройденный одним участником за моделируемое время превышает размер области более, чем в 5 раз) до ограниченной (путь, пройденный одним участником за моделируемое время меньше размера области миниммум в 4 раза). 

  


Рис. 1.

Результаты моделирования убедительно показывают, что скорость роста заболеваемости и пиковые значения числа заболевших сильно зависят от модельных параметров скорости передвижения, а значит и от числа контактов. Также очевиден и рост смертности при увеличении числа контактов за моделируемое время.

Так же показано, что ограничение передвижения лишь для части населения не приводит к существенному улучшению ситуации. Результаты моделирования показывают, что рост числа больных и количество выздоровевших определяются – в основном – участниками, которых ограничение передвижения не коснулось. 

Таким образом, ограничения передвижения существенно снижают как риск заболеть, так и (потенциальную) загруженность больниц.

2. Вакцинация

Рассмотрим всияние вакцинации на заболеваемость, число здоровых и умерших. В численных экспериментах менялось начальные значения числавакцинированных” и “здоровых/не-болевших”, оставляя полное их число постоянным (10000). 

Результаты моделирования показывают, что заметный эффект от вакцинации проявляется только когда число вакцинированных достигает - как минимум - 50% (больше - лучше). При этом, увеличение числа контактов / подвижности (скорости движения) снижает этот эффект (вакцинации). 

Заключение

Итак, неожиданного не произошло. Как и подсказывал здравый смысл, ограничение числа контактов и вакцинация способствуют уменьшению заболеваемости (особенно повторнй) и смертности. Особо следует отметить, что эффективность этих мер очень сильно зависит от чила вовлечённых/охваченных. Ограничиение в передвижении и/или вакцинация только малой части населения не улучшает ситуацию

Понятно, что заставить всех сидеть дома невозможно. Да и экономика этого не выдержит. Поэтому следует ограничивать число контактов насколько это возможно, и вакцинировать подавляющее большинство людей. 

Приложение 1

Подвижность / число контактов

В четырёх (численных) экспериментах менялись только минимальная и максимальная скорости. То есть, отдельно моделировались случаи от очень высокой подвижности (путь, пройденный одним участником за моделируемое время превышает размер области более, чем в 5 раз) до ограниченной (путь, пройденный одним участником за моделируемое время меньше размера области миниммум в 4 раза). Значения, полученные по окнчании рассчётов, приведены в Таблице 1. 

Уже из этих данных видна сильная зависимость количества здоровых, больных, умерших от числа контактов. Более детальный анализ можно провести, рассматривя данные в развитии, то есть, зависимости от времени.

Рис. 2. Изменение количества не-болевших, выздоровевших и их сумм (здоровых) за моделируемое время.
Цифрами указаны номера экспериментов (Таблица 1) 

Рис. 3. Изменение количества заболевших, и заболевших 2 и более раз за моделируемое время.
Цифрами указаны номера экспериментов (Таблица 1) 

Рис. 4. Изменение количества умерших за моделируемое время.
Цифрами указаны номера экспериментов (Таблица 1) 




Хорошо видно, что скорость роста заболеваемости и пиковые значения числа заболевших сильно зависят от модельных параметров скорости передвижения, а значит и от числа контактов. Также очевиден и рост смертности при увеличении числа контактов за моделируемое время.

В проведённых численных экспериментах скорость передвижения была (почти) одинаковой для всех участников. Посмотрим, что получится, если скорость передвижения будет существенно разной для разных участников в одном эксперименте. То есть, ограничения передвижения коснутся только части населения. Ниже представлены результаты для двух экспериментов: минимальня скорость=1, максимальная скорость=50, и минимальня скорость=1, максимальная скорость=30. Для сравнения показаны результаы экспериментов из Таблицы 1. 

Рис. 5. Изменение количества не-болевших, здоровых (не-болевших + выздоровевших), болевших, болевших 2 и более раз и умерших за моделируемое время. Толстые кривые для диапазона скоростей 1..50. Тонкие кривые для экспериментов 1 и 2 (см. Таблица 1) 

Рис. 6. Изменение количества не-болевших, здоровых (не-болевших + выздоровевших), болевших, болевших 2 и более раз и умерших за моделируемое время. Толстые кривые для диапазона скоростей 1..30. Тонкие кривые для экспериментов 2 и 3 (см. Таблица 1) 

Хорошо видно, что ограничение передвижения лишь для части населения не приводит к существенному улучшению ситуации. Результаты на Рис. 5,6 показывают, что рост числа больных и количество выздоровевших определяются – в основном – участниками, которых ограничение передвижения не коснулось. 

Приложение 2

Вакцинация

Теперь рассмотрим всияние вакцинации на заболеваемость, число здоровых и умерших. В первых трёх экспериментах из Таблицы 1 будем менять соотношение числа “вакцинированных” и “здоровых/не-болевших” (начальные значения), оставляя полное их число постоянным (10000). Результаты моделирования представлены ниже в таблицах 2-4. Первый ряд для результатов "чистого" эксперимента (10000 здоровых, 0 вакцинированных, 1000 больных); второй ряд: 9000 здоровых, 1000 вакцинированных, 1000 больных; третий ряд: 8000 здоровых, 2000 вакцинированных, 1000 больных; четвёртый ряд: 5000 здоровых, 5000 вакцинированных, 1000 больных; пятый ряд: 2000 здоровых, 8000 вакцинированных, 1000 больных.

Зависимости числа здоровых, больных и умерших от времени для всех экспериментов показаны на Рис. 7-12.

Рис. 7. Изменение количества здоровых (не-болевших + выздоровевших), болевших, болевших 2 и более раз за моделируемое время. Цифры у кривых соответствуют номеру ряда в Таблице 2. 

Рис. 8. Изменение количества умерших за моделируемое время. Цифры у кривых соответствуют номеру ряда в Таблице 2. 

Рис. 9. Изменение количества здоровых (не-болевших + выздоровевших), болевших, болевших 2 и более раз за моделируемое время. Цифры у кривых соответствуют номеру ряда в Таблице 3. 

Рис. 10. Изменение количества умерших за моделируемое время. Цифры у кривых соответствуют номеру ряда в Таблице 3. 

Рис. 11. Изменение количества здоровых (не-болевших + выздоровевших), болевших, болевших 2 и более раз за моделируемое время. Цифры у кривых соответствуют номеру ряда в Таблице 4. 

Рис. 12. Изменение количества умерших за моделируемое время. Цифры у кривых соответствуют номеру ряда в Таблице 4. 

Из приведённых данных видно, что заметный эффект от вакцинации проявляется только когда число вакцинированных достигает - как минимум - 50% (больше - лучше). При этом, большее число контактов / подвижность (скорость движения) снижает этот эффект.